在这700多年间，中原及四川地区历经五代十六国之乱、金人之乱、蒙人铁骑统治、元末大乱，播州之境岿然，巴蜀流民多有归附。播州杨氏保疆垦土，屡有战功。这样一个家族为什么突然消亡了呢？这跟明政府推行的“改土归流”政策密切相关。
土司制度始于唐，盛于明，播州杨氏土司在明时也盛极一时。明洪武四年（1371年），明太祖取道播州，准备平灭元军在四川的势力。为了集中力量对付元军，他派使者前去劝降播州杨氏。播州土司杨铿审时度势，率领大小官员来归。朱元璋非常高兴，对播州杨氏大加赏赐，让杨铿仍旧领命播州，部下大小官员任命等事务一切照旧，政府不向播州征收赋税。
1374年，中书省提议向播州征取贡赋以作军储，标准是每年纳粮2500石（一石约为120斤）。朱元璋否决了这一提议。他指出，播州杨氏在各少数民族中，是最早率众附归的，于朝廷统一有功，所以决定免掉他们的赋税，任其自由支配。由此，播州杨氏正式获得了包括税赋豁免在内的很大特权，他们只是每三年象征性地向朝廷纳贡一次。
在朝廷的帮助和怂恿之下，播州杨氏的势力不断扩大。洪武二十一年（1388年），他们又得到了一份荣耀，播州杨氏的子弟可以入朝进入太学，由国子监官亲自督导学习。嘉靖元年（1522年），应播州土司的要求，朝廷赐给他们儒学典籍《四书集注》。
杨氏土司在自治的过程中，兵力不断壮大，多次帮助朝廷平定苗民叛乱和附近少数民族叛乱。到了杨应龙时代，播州杨氏已是湘、贵、川一带的名门望族，势力达到顶峰，屡屡与周边的土司、地方官以及朝廷命官发生冲突，贵州流官不满土官横行无忌、不服流官管束的霸道作风，矛盾已很难调和，到了一触即发的地步。
明史对杨应龙的描述基本都是反面的，说他好猜疑，性情残忍。1571年，杨应龙继承父亲杨烈之位，一开始表现得尚属低调，对朝廷毕恭毕敬，也屡受皇恩。万历十四年（1586年），皇宫太和、保和、中和三大殿因雷击起火被焚，杨应龙及时献上当地“大木七十”，因其“材美”，讨得朝廷的欢心，赐其“飞鱼服”，授予都指挥使一衔。
为了独霸一方，杨应龙对内酷杀树威，不仅镇压播州一带的苗民，还屡屡侵犯四川汉人境地，引起了朝野的极大关切。播州附近的一些土司也对他心存不满，朝廷中更是有人想要除掉他。